In 1900 werd op kosten van de toenmalige pastoor van de St. Willibrorduskerk het zusterklooster aan de Kerkstraat gebouwd. Vanuit dit klooster hebben de zusters Franciscanessen van Oirschot jarenlang  zorg gedragen voor het katholieke onderwijs in Wassenaar.
Zo werd er in 1910 naast het klooster, op de plek van het huidige Gybelanthof, een nieuwe school gebouwd. Deze school bood eerst onderdak aan de jongensschool, later aan de meisjesschool en werd nog later omgevormd tot kleuterschool.
Na de oplevering van ons huidige schoolgebouw (1918) werden er twee meisjesscholen in gehuisvest: de St.Annaschool en de Mariaschool. In een later stadium vonden ook de leerlingen die uitgebreid lager onderwijs (ulo) volgden hier onderdak. Bovendien werd er voor de meisjes die het nijverheidsonderwijs wilden volgen een huishoudschool gebouwd op het Kloosterland. Ook dit gebouw is inmiddels gesloopt. Voor de jongens werd er in 1923 een jongensschool gerealiseerd in de van Heeckerenstraat. Deze school heeft tot 1965 gefunctioneerd. In dat jaar integreerden de jongensschool en de twee meisjesscholen. Als nieuwe naam werd gekozen St. Bonifaciusschool*Â waarvan Jan Wensveen dan inmiddels directeur is.
In 1980 trekt de kleuterschool “Kerkstraat” na een verbouwing in bij de Bonifaciusschool. Op papier blijven het twee scholen: kleuterschool Kerkstraat en lagere school St. Bonifacius. Uiteraard werd er nauw samengewerkt en werd het door iedereen als één school ervaren. Kort hierna worden de voormalige kleuterschool en het poortgebouw (met daarin buitentoiletten, speelplaats en fietsenstalling) gesloopt.
In 1985 volgde de integratie/samenvoeging van het kleuter- en lager onderwijs. De start van het huidige basisonderwijs. In datzelfde jaar komt ook de kleuterschool “De vieren en vijven” (gelegen aan de Zonneveldweg) er bij ons bij. Eén basisschool bestaande uit de Boni en twee kleuterscholen.
In 2001 en 2002 vindt dan eindelijk de lang verwachte restauratie plaats van het huidige monumentale gebouw. De St. Bonifaciusschool heeft in 2015 haar 50 jarig bestaan gevierd. In 2018 is er stilgestaan bij het feit dat het gebouw 100 jaar geleden werd gebouwd!
* Bonifacius heeft samen met Willibrord en Adelbert het christendom in Nederland gebracht. Het is dus niet toevallig dat wij in Wassenaar een Adelbert College, een Willibrorduskerk en een St. Bonifaciusschool hebben.